PCR-Test gegen nur ein Primer-Paar - das hatte ich verpasst!

2021-04-07

Frank Siebert

Auf die Informationsquellen zu diesem Artikel wurde ich über den Artikel "Die Evolution des „Drosten-Tests“ zur Ein-Gen-PCR" auf der Seite Corona Doks aufmerksam ¹ .

Bei der Verwendung von PCR-Tests nur gegen ein Primer-Paar auf dem E-Gen zu testen, welches die Hülle des Virus codiert (E steht für Envelope), um dann die Aussage zu Treffen "Es handelt sich um SARS-CoV-2." lässt sich mit folgendem Vorgehen vergleichen: Sie suchen einstöckige verputzte Häuser und bei jedem gefunden Haus gehen Sie davon aus:

• Unter dem Putz befindet sich eine Wand aus Backstein
• Das Haus hat 5 Zimmer, zwei Bäder und eine Küche
• In der Küche befindet sich ein Gas-Herd
• In einem der Bäder befindet sich eine Wirlpool-Wanne.

Ihre True-Positive Rate hängt in diesem Fall überhaupt nicht mehr von Ihrem Kriterium ab, und Sie können auch keine Aussage mehr zu dieser Rate machen, es sei denn Sie haben auf wundersame Weise Kenntnis zur Wahrscheinlichkeit erhalten, mit der einstöckige verputzte Häuser entsprechend ausgestattet sind (also Kenntnis von der Prävalenz).

Verdammt - mein Beispiel hinkt - PCR-Tests betrachten ja nur Trümmer-Teile.

Sie stehen auf einer Abraumhalde und finden ein Außenputz-Bruchstück. Sie schließen aus diesem Bruchstück, dass das Haus:

• einstöckig war
• Wände aus Backstein hatte
• 5 Zimmer, zwei Bäder und eine Küche besaß
• In der Küche einen Gas-Herd hatte
• In einem der Bäder eine Wirlpool-Wanne hatte

Das passt besser.

Mir war ja schon früh klar, dass die PCR-Tests prinzipiell ungeeignet für den offiziellen Zweck der Ermittlung von Infektionszahlen sind. Oder auch für die Diagnose einer Infektion. Ich habe auch zeitnah mit bekommen, dass die 3 Primer-Paare des Corman-Drosten-Papiers näher zusammen liegen als sie sollten, dass Tests Aufgrund von Kreuzzreaktionen auch fälschlich auf andere Sequenzen reagieren können und dass eine Aussage herumgeisterte, dass auch 2 Primer-Paare reichen würden.

Offensichtlich war auch, dass Verunreinigungen in PCR-Tests für eine Vielzahl von False-Posive-Ergebnissen verantwortlich sind. Die Studie "Pitfalls in SARS-CoV-2 diagnostics" hat Tests einer kleinen Herstellerauswahl untersucht ² und das Offensichtliche bestätigt.

Wenn wir ein Best-Case-Szenario für die Spezifität annehmen, das auf diesen Ergebnissen für A-3 oder B / E-Sarbeco [3 verschiedene Produkte]'' basiert, wurde die diagnostische Spezifität mit 0,9756 (40/41; Tabelle 1) berechnet. In der Kalenderwoche 14 von 2020 wurden in Deutschland 36.885 von 408.348 Proben (9,0%) positiv getestet (Robert-Koch-Institut, 2020). Unter diesen Bedingungen betrug der positive Vorhersagewert des Testsystems 0,802, d. h. fast 20% der positiven Ergebnisse wäre falsch positiv gewesen. In der Kalenderwoche 19 wurden 10.187 von 382.154 Proben (2,7%) positiv getestet. In diesem Szenario hätte ein Testsystem mit einer diagnostischen Spezifität von 0,9756 zu einem positiven Vorhersagewert von 0,5319 geführt, d. H. Fast die Hälfte der positiven Ergebnisse wäre falsch positiv gewesen. Jede weitere Reduzierung der Prävalenz von SARS-CoV-2-Infektionen führt offensichtlich zu einer Verringerung des positiven Vorhersagewerts, wenn die die Spezifität der verwendeten Assays wird nicht dramatisch erhöht wird.''

Erinnern Sie sich an den Sommer 2020 mit etwa 2% positiven Testergebnissen? Es gibt keinen Grund anzunehmen, dass sich darunter True-Positive Ergebnisse befanden. Die Berechnungsmethode, mit Hilfe der Testergebnisse die Prävalenz abzuschätzen, lässt dieses Ergebnis aber nicht zu. False-Positive Tests erzwingen eine Prävalenz, die höher als 0 ist. Mit besten Grüßen an alle "Zero-Covid" und "No-Covid" Jünger, ihr könnt euer Ziel schon rein rechnerisch nie erreichen, selbst wenn Covid verschwunden ist, es sei denn das Testen danach wird beendet. Bei Influenza hat dies scheinbar bereits zeitweise funktioniert, Anfang dieses Jahres wurden auf magische Weise keine Influenza Viren mehr gefunden.

Ich möchte hier noch anmerken, dass die Autoren in diesem Abschnitt den Begriff Spezifität vermutlich aus Gewohnheit verwenden und weil sie damit eine rechnerische Aussage zur Auswirkung in knapper, allgemein nachvollziehbarer Form darlegen können. Die einzelnen Test-Kits aus betroffenen Chargen haben natürlich keinerlei Spezifität mehr, da sie in jedem Fall positive Ergebnisse liefern. Die Angabe einer Spezifität ist eigentlich für ein bestimmtes PCR-Test-Kit gedacht und soll Auskunft darüber geben, mit welcher Wahrscheinlichkeit die von dem Kit gefunden Sequenzen von dem gesuchten Virus stammen. Oder umgekehrt Formuliert:

• Gibt es verbreitete Kreuzreaktive Sequenzen?
• Gibt es die gleiche Sequenz in anderen Viren?
• Zusammenfassend: Wie hoch ist bei der Kombination der verwendeten Primer-Paare die Wahrscheinlichkeit eines Auffindens aller getesteten Sequenzen in einer Probe trotz der Abwesenheit von Fragmenten dieses Virus?

Dies bringt mich zu dem Thema der Überschrift. Reduziert man die Anzahl der Primer-Paare und damit die Anzahl der Gen-Abschnitte, gegen die geprüft wird, dann sinkt natürlich die Spezifität. Ist das verwendete Primer-Paar auf einem Gen-Abschnitt, den sich eine ganze Familie von Viren-Stämmen teilt, dann sinkt die Spezifität in den Bereich der Sinnlosigkeit.

Und Tatsächlich schrieb das augsburger Labor MVZ am 03.04.2020:

Geändertes Befundlayout der SARS-CoV2 PCR-Ergebnisse

ab sofort geben wir auf unseren Befunden nur noch das Ergebnis positiv oder negativ aus.

Bisher erhielten Sie in Abhängigkeit vom verwendeten Test zwei Ergebnisse. Falls die Probe mit dem Verfahren der Fa. Roche analysiert wurde, haben wir die Messergebnisse für beide Zielsequenzen der PCR (ORF1- und E-Gen) getrennt angegeben. Das ORF1-Gen ist dabei für SARS-CoV-2 spezifisch, während das E-Gen auch in anderen Coronaviren vorkommt. Die Fälle, in denen nur das ORF-Gen amplifiziert wurde, haben wir auch bisher schon positiv bewertet. Wenige Fälle mit isoliert positivem E-Gen wurden als fraglich eingestuft und führten deshalb immer wieder zu Rückfragen und Problemen hinsichtlich des weiteren Managements betroffener Patienten. Unter Berücksichtigung der epidemiologischen Situation und der insgesamt gestiegenen Positivenrate folgen wir ab sofort der WHO-Empfehlung und geben ein Ergebnis bereits dann als „positiv“ heraus, wenn nur das E-Gen amplifiziert wurde . Um den Befund zu vereinfachen, erscheint deshalb zukünftig nur noch ein Gesamtergebnis (positiv oder negativ). Ein Ergebnis ist positiv, wenn mindestens eine der beiden Zielsequenzen des SARS-CoV-2 im Abstrichmaterial nachgewiesen wurde.

Falls die Probe mit Verfahren von rBiopharm oder TibMolbiol analysiert wurde, haben wir bisher getrennte Screening- und Bestätigungstests durchgeführt. Analog zum oben beschrieben Vorgehen beschränken wir uns aufgrund des hohen positiven Vorhersagewerts bei steigender COVID-19-Prävalenz auf den bisherigen Screeningtest, der auf das E-Gen zielt. ³

Diese Transparenz der Angaben durch das Labor sind wirklich vorbildlich, so traurig der Inhalt in seinem Wesen ist, besonders da dem Labor offensichtlich klar ist, dass dies aus wissenschaftlicher Sicht Unsinn ist.

Die Angaben zur Einführung eines weiteren IgG Antikörper Tests auf der Seite des Labors besitzt regelrecht aufklärerischen Charakter:

Der Nachweis von IgG ist ein Biomarker für eine durchlaufene SARS-CoV-2-Infektion, per se aber noch kein Beweis für eine länger anhaltende Immunität. Erste klinische Versuche zeigen aber bereits, dass Immunglobulin von Personen, die selbst eine Infektion überstanden haben, erfolgreich zur Therapie von COVID19 eingesetzt werden kann. ⁴

Ja, dies ist eine der vielen guten Behandlungsmöglichkeiten für schwer verlaufende SARS-CoV-2 Infektionen. Und weil es gute Behandlungsmöglichkeiten gibt sind die bedingten Zulassungen der "Impfstoffe" rechtswidrig erfolgt, genauso wie auch alle verordneten Einschränkungen nach dem IfSG daher unverhältnismäßig und damit rechtswidrig sind. Allerdings sind diese Einschränkungen nicht nur deswegen rechtswidrig, sondern auch weil sie in unsere Grundrechte eingreifen und unsere Menschenwürde missachten.

Also wurden tatsächlich von einer unbekannt großen Anzahl von Laboren, den Empfehlungen der WHO folgend, Tests als positiv bewertet wenn der Test nur ein Analyse-Target nachwies, auch wenn es das E-Gen Target war. Vielleicht wird dies immer noch gemacht, oder sollte ich "wahrscheinlich" schreiben?

Es ist mir gelungen diese WHO Empfehlung zu finden.

Laboratory confirmed case by NAAT in areas with established COVID-19 virus circulation

In areas where COVID-19 virus is widely spread a simpler algorithm might be adopted in which for example screening by rRT-PCR of a single discriminatory target is considered sufficient. One or more negative results do not rule out the possibility of COVID-19 virus infection. ⁵

Sobald also die Ausweitung der Tests genug False-Positive zeigten, um den Eindruck der Virus-Zirkulation zu etablieren, wurden E-Gen Fragmente verschiedenster Corona-Viren zu positiven SARS-Cov-2 Ergebnissen, ohne Rücksicht darauf, ob die anderen Targets negativ waren. Diesem Labor war dies auch nach eigener Aussage auf seiner Webseite bewusst, alleine die Menge der durchzuführenden PCR-Tests verlangte nach der Vereinfachung, da das detaillierte Ergebnis zu viele Rückfragen auslöste. Bei vielen anderen Laboren hat es zwangsweise genauso ausgesehen. Arbeitsdruck führt halt zu schlechter Qualität.

Das ganze Konzept der Überwachung des Infektionsgeschehens Mittels PCR-Tests zieht sich selbst wie Münchhausen am eigenen Schopf aus dem Sumpf: Nicht validierte PCR-Tests ermitteln eine Positiv-Rate, welche als Prävalenz in die Berechnung einer Falsch-Positiven-Rate eingeht, unter Berücksichtigung einer Spezifität der Tests, welche nie validiert wurde.

Was kann da schon schief gehen?

Und eine Validierung dürfte natürlich nicht auf PCR-Tests beruhen, wenn sie denn gemacht würde, denn dies würde die Rekursion der Methodik nur fortsetzen. Und selbst mit erfolgter Validierung der Spezifität eines PCR-Tests wird diese Spezifität nicht besser; sie ist dann lediglich (und hoffentlich) genauer bestimmt.

So sind PCR-Tests ein nettes Spielzeug für die Forschung, welche vorsichtige Theorien zum Aufbau eines Genoms erlauben, aber mehr auch nicht. Auch ihr Einsatz in der Forensik zur Bestimmung eines genetischen Fingerabdrucks muß im Grundsatz in Frage gestellt werden, denn offenbar kann die Methode dort ja auch nicht auf magische Weise plötzlich zur exakten Wissenschaft werden. Und beruhte nicht auch schon die erste Sequenzierung des Genoms von SARS-CoV-2 auf der PCR-Technik? Diese Frage irritiert mich jetzt doch zu sehr, ich gehe ihr vielleicht später einmal nach.

Insofern ist die Feststellung, dass einige Labore nur gegen ein Primer-Paar auf dem E-Gen testen, zwar schockierend, aber nicht das grundlegende Problem. Auch dass einige Tests ihre positive Probe ab Werk beinhalten ist schockierend, aber ebenfalls nicht das grundlegende Problem. Wen interessiert denn bei der Geschichte von Münchhausen wie tief und wie breit der Sumpf ist? Spielt das eine Rolle?

In der Diskussion mit Mitmenschen, welche die Rekursivität der gesamten Methodik nicht sehen, können grobe Fehler wie die beschriebenen natürlich helfen die Augen zu öffnen.

Fußnoten

Kategorie:COVID-19 Kategorie:Influenza Kategorie:Virologie Kategorie:Weltgesundheitsorganisation